ТОМ 29, ВЫПУСК 4 • СНЕЖАНЬ 2025.
2025 засмучэнні руху Аглядны артыкул года
Даследаванне нейрадэгенератыўных захворванняў з выкарыстаннем тэхналогій доўгатэрміновага секвенавання і аптычнага картаграфавання геному
Мы вельмі рады, што атрымалі ўзнагароду «Аглядны артыкул года 2025» ад засмучэнні руху часопіс. Пасля адпраўкі ў засмучэнні руху У артыкуле, які апісвае двух братоў і сясцёр з фенатыпам, сумяшчальным з хваробай Паркінсана (ХП), звязанай з PRKN, і вырашанай з дапамогай доўгатэрміновага секвенавання (ДРС), галоўны рэдактар ласкава прапанаваў нам напісаць агляд, прысвечаны новым тэхналогіям, для аўдыторыі, якая не з'яўляецца генетыкам.
Мы лічылі, што гэты агляд з'явіўся своечасова па дзвюх прычынах. Па-першае, усё больш людзей выкарыстоўвалі LRS у кантэксце нейрадэгенератыўных захворванняў, і ўсё большая колькасць доказаў у літаратуры пацвярджае яго здольнасць вырашаць выпадкі, невытлумачальныя з дапамогай кароткатэрміновага секвенавання ўсяго экзома або ўсяго геному. Па-другое, апошні агляд быў апублікаваны ў 2021 годзе Су і інш. у часопісе Neurology, таму абнаўленне здавалася неабходным. Мы з задавальненнем прынялі гэты агляд і паставілі сабе за мэту прапанаваць шырокі агляд нядаўніх дасягненняў як LRS, так і аптычнага картаграфавання геному (OGM), а таксама іх абмежаванняў, праблем і магчымасцей на будучыню.
Існуюць тры асноўныя тыпы генетычных варыяцый, якія ўплываюць на рысы чалавека: малыя варыянты (варыянты, якія ўключаюць менш за 50 пар асноў, таксама званыя аднануклеатыднымі варыянтамі і інсерцыямі/дэлецыямі), кароткія тандэмныя паўторы (таксама вядомыя як RE-паўторныя пашырэнні) і структурныя варыянты (SV, дэлецыі, інсерцыі, дуплікацыі, інверсіі, транслакацыі). Многія верагодныя манагенныя захворванні да гэтага часу не маюць дакладнай малекулярнай дыягностыкі, галоўным чынам таму, што традыцыйныя метады секвенавання неэфектыўныя для выяўлення SV і RE, якія з'яўляюцца прычынай многіх нейрагенетычных захворванняў. Таму некалькі ініцыятыў накіраваны на выкарыстанне LRS і/або OGM для расшыфроўкі генетычных асноў нейрадэгенератыўных захворванняў. У аглядзе мы прывялі некалькі падрабязных прыкладаў, каб даць чытачу разуменне дасягненняў LRS і OGM. Мы абмяркоўваем, як LRS дазволіла нам выявіць варыянты, якія не былі выяўлены з дапамогай кароткачытавага секвенавання, пры вядомых нейрадэгенератыўных захворваннях (напрыклад, PRKN, SPG4), і адкрыць новыя прычынныя гены (напрыклад, хвароба ўнутрыядзернага ўключэння нейронаў і пашырэнне 5'UTR NOTCH2NLC, спінамазачкавая атаксія тыпу 4 і ZFHX3). Мы таксама ілюструем здольнасць LRS характарызаваць памер і матыў паўтораў, якія ўплываюць на ўзрост пачатку, пенетрантнасць, спадчыннасць і клінічныя фенатыпы (CANVAS і RFC1, FXTAS і FMR1, SCA27B і FGF14). Мы таксама апісваем магчымасць фазіравання варыянтаў з дапамогай LRS і адрознення варыянтаў у генах ад варыянтаў у іх псеўдагене (GBA1, SORD2), а таксама магчымасць ідэнтыфікацыі новых транскрыптаў. Мы таксама падкрэсліваем плюсы і мінусы аптычнага картаграфавання геному пры ідэнтыфікацыі спецыфічных варыянтаў (SV) і рэтыкулярных варыянтаў (RE). Нягледзячы на тое, што гэтыя тэхналогіі пакуль у асноўным выкарыстоўваюцца ў даследчых умовах, мы чакаем больш шырокага ўкаранення ў клінічных лабараторыях у будучыні. Мы спадзяемся, што гэты агляд дапаможа спецыялістам зразумець іх карыснасць і абмежаванні, а таксама разумна выкарыстоўваць іх як у кантэксце дыягностыкі, так і ў даследаваннях!
Паслухайце інтэрв'ю ў падкасце пра гэты артыкул:
цяпер слухайце
Больш падрабязна Рухаючыся далей: